李善祥深感“中国要富强，没有教育，没有人才不行”。1927年陶行知在南京办了晓庄师范，李善祥闻之，在1928年春到南京晓庄与陶先生相见：陶行知赠李善祥：“滴自己的汗，吃自己的饭，自己的事自己干。靠人靠天靠祖先，都不算好汉。”回到锦州，李善祥以晓庄师范为蓝本，购地300亩，请著名设计师在锦州南山建造校舍：教学楼、礼堂、图书室、生化实验室、运动场、师生宿舍和食堂，在学校周围种植果树3000株，1928年耕余果艺专门学院（简称耕余学院）开学，宗旨是培养植物学和园艺学人才，造就高等的果树培育经济型、知识型、劳动型的大学生，学院设小学、工读、研究三部吸收贫苦农民子女入学，不收学费，免费供给书籍、纸墨等用品。工读部学生是到北平、天津、上海等地招贫苦失学青年，免费供衣供食，还给少量零用钱，当时北平有一孤儿刘正昌，年龄还小，他坚持要上耕余学院，李善祥看孩子很真诚用功，破例招收，刘在后来成为园艺人才，并成为他五女儿李微的丈夫。
“九一八”事变后，日本鬼子入侵锦州，曾多次拉拢李善祥，要他担任锦州农会会长。李善祥坚决推辞，后带领家小，回到老家小港。当时的小港已经成为抗日前线。李善祥出钱又出力，要求孩子们参加抗日救亡活动，还出资建了一家小型医院。正是有这样一位伟大的父亲的引导，1937年，李家四兄妹和当地几十位青年一起，动身寻找抗日队伍，前往前线。他们中有九位后来参加了新四军。在四位上前线的孩子中，有两位曾进集中营，有两位历经磨难、九死一生。（二女儿李又兰、三女儿李采芝和二儿子李祖宁同在1938年加入了新四军，走上了抗日的道路。）
1942年，李善祥的二女儿李又兰与新四军三师副师长张爱萍结婚。以后，李善祥同张爱萍、苏皖省政府主席李一氓、新四军军长陈毅多次接触，关系甚密。日本投降后，陈毅将军派专人护送李善祥，1946年由山东解放区渡海回到了东北阔别9年的锦州南山生生果园，又开始从事他的果艺事业。他一方面倾心培育锦州的苹果，一方面与我党地下工作人员保持联系，收集敌人情报，为1948年10月锦州的解放作出了自己的贡献。
1949年9月李善祥被选为锦州市第一届人民代表大会代表，1951年6月被选为辽西省各界人民代表会议协商委员会委员。1959年5月19日因突发脑溢血逝世于上海，享年79岁。
毛泽东主席曾经说过：“锦州那个地方出苹果……”指的就是“生生果园”。当年这里曾被誉为亚洲第一苹果园。所以，李善祥不仅是锦州苹果之父，也是中国苹果之父。
锦州解放后，李善祥将自己倾注毕生之力经营的“生生果园”、“耕余学院”等全部财产无偿地献给了国家。生生果园成为国营辽西第一果园——“锦州南山果树农场”。在李善祥首栽苹果的带动下，不久，辽西地区出现了多处果园。产量逐渐扩大，品种不断更新，最后苹果遍及辽西地区，锦州苹果从而也出了名，成为锦州乃至省内外人们非常喜食的水果之一。
生生果园遗址已被列入锦州市级重点文物保护单位 
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