刚开始他仅选择一部分果树尝试新的种植方法，两年后，他便下决心停止使用农药。但他没有想到的是，危害苹果树的害虫不计其数，不使用农药，果树上不长果子专生虫，树上满是各种蛾的幼虫，怎么抓也抓不完。比比别人更加悉心照料果树，为了除尽专门吃苹果树初春嫩叶的花芽和褐卷叶蛾、乱纹苹果卷叶蛾，还有会啃食叶子的尺蠖、蚜虫，以及危害果实的螟蛾幼虫和介壳虫等，木村带着全家人没日没夜地在不开花、不结果的果园里，用双手和塑料袋抓害虫、喷洒醋液，但苹果树却惨不忍睹，斑点落叶病肆虐，果树简直变成了昆虫的天堂。枯萎的苹果叶不断掉落，苹果树不开花，就更不结果了，收成等于零，而且情况一年比一年糟糕。

苹果园的惨状令木村一家七口生活穷困，父母业余木村断绝关系。木村几乎变卖了所有的东西，四处借贷，一贫如洗。

而生存不断地思考着解决的方法，常常站在苹果树旁静默地看着，有时甚至对苹果树说：“对不起，我让你们受苦了，你们不用开花，也不用结果，只求求你们不要枯掉。”

他的果树不开花，就没有蜜蜂；他树上的虫还会飞到别人的果树上，这引起邻人极大不满。当地果农给木村取了个绰号：灭灶，意思就是炉灶的火灭了的意思。如果一个家庭炉灶都熄了火，就代表一个家支离破碎，家人走投无路了。对木村家来说，这是极大的侮辱。

果树越来越虚弱，木村在绝望中跑到山上，想轻生。在轻生的一刹那，他看到野生的栲树，活得极为健康，他忽然顿悟，树完全可以自然生长的。木村带着无比的希望，放弃了轻生的念头，又开始了新的尝试。木村在果园里大量种大豆，大豆根部密密麻麻的根瘤菌增加土壤里氮的含量；开始种植杂草，让小昆虫、小动物进入他的果园，让植物和动物去建立它们的生态系统；他用自己调和的醋当做农药。终于，在停止使用农药的第8年，果树开除了7朵苹果花，其中有两朵结了果。那两个苹果是那一年的全部收成，木村把苹果放在佛堂祭拜后，全家人一起分享。这两个苹果好吃得令人惊讶，木村看到苦尽之后的曙光。相隔9年之后木村的苹果园再度开满了白色的苹果花，第11年他的苹果园大丰收了。

木村在种出不依赖农药和肥料的苹果后，越来越多的人听到她的故事，想尝“好吃到令人惊讶的滋味，哪怕只有一次都行”的人有增无减。东京一家高档法国餐厅里，总是人满为患，要预约用餐起码得等半年。这里的招牌菜就是“木村的苹果汤”。主厨介绍说：“这种苹果居然不会烂，可能是汇聚了生产者的灵魂。”木村苹果成了当地最好的苹果品牌，非常畅销，这让当地果农非常惊讶，自愧不如。

日本的苹果栽培史有120年，之前也有许多人尝试过无农药、无肥料的栽培，都失败了。大家都是在尝试四五年后，放弃了。木村却像个傻瓜一样，苦撑11年。那是生命淬炼出来的智能，那是全心付出后得到的甜美果实，那是一辈子受用不尽的精彩顿悟。